|
Matriks jądrowa to... |
|
jądro komórkowe pozbawione cytoplazmy |
|
Gdzie występuje chromatyna? |
|
W jądrze komórkowym (kom. eukariotyczne) |
|
Składninki chromatyny to... |
|
DNA oraz białka histonowe i niehistonowe |
|
W ilu stanach występuje chromatyna? Podaj ich nazwy. |
|
2 - interfazowa, podziałowa |
|
Chromatyna interfazowa jest rozproszona czy skondensowana? Uzasadnij. |
|
Rozproszona - pozwala na dostęp do DNA enzymów i białek koniecznych do ekspresji genów czy replikacji DNA |
|
Chromatyna podziałowa jest rozproszona czy skondensowana? Uzasadnij. |
|
Skondensowana - DNA jest już zreplikowane, nie ulega transkrypcji, ułatwia podział materiału |
|
Wymien rodzaje chromatyny. |
|
Euchromatyna (luźna) i Heterochromatyna (skondensowana) |
|
Euchromatyna: a) Czy jest czynna transkrypcyjnie? b) % całej chromatyny c) Występowanie |
|
a) tak b) 7 - 10% c) w interfazie jako całkowicie rozwinięte chromosomy |
|
W jądrach plemników występuje skondensowana ... |
|
euchromatyna |
|
U kobiet skondensowana euchromatyna tworzy... (w leukocytach nazywa się to ...) |
|
ciałka Barra, pałeczką dobosza |
|
Co zawiera euchromatyna? |
|
1)Wysoce powtarzalne sekwencje tandemowe 2)Rozproszone, umiarkowanie powtarzalne, sekwencje unikatowe kodujące geny strukturalne |
|
Ciałko Barra: a) Co to jest? b) Występowanie w jadrze komórkowym |
|
a) Skondensowany, nieaktywny transkrypcyjnie drugi chromosom X. b) pod osłonką |
|
NOR: a)Co to jest b) Gdzie występuje? c) Które chromosomy? |
|
a) organizator jąderkotwórczy/przewężenie wtórne b) interfaza: jąderko, mitoza: ramiona krotkie akrocentrycznych chromosomów c) 12 - 15, 21 - 22 |
|
Heterochromatyna: a) Czy jest czynna transkrypcyjnie? b) Czy posiada odcinki kodujące? c) Gdzie występuje? |
|
a) nie b) nie c) centromery, telomery, obszary interstycjalne (niewyspecjalizowane) |
|
Dlaczego heterochromatyna jest wysoce skondensowana? |
|
Zapobiega transkrypcji genów ze względu na trudny dostęp dla czynników transkrypcyjnych |
|
Z czego jest zbudowana heterochromatyna? |
|
Z krótkich sekwencji ułożonych tandemowo i powtórzonych milion razy w genomie |
|
Czasami w heterochromatynie występują ... czyli ... |
|
transpozony, ruchome elementy kodujące |
|
Nukleosomo: a) Co to jest? b) Opisz budowę. |
|
a) podstawowa jednostka strukturalna chromatyny b) DNA jest nawinięte na oktamer histonowy [2x(H2A, H2B, H3, H4)], a w rejonie łącznikowym jest H1 lub H5 |
|
Rdzen histonowy i rejon łącznikowy tworzą razem... |
|
nić (włókno) nukleosomową |
|
Regulacja ekspresji genów: a) Co to jest? b) Rodzaje ułatwiające dostęp. c) Rodzaje utrudniające dostęp. |
|
a) Zmiana dostępu do nukleosomu (rozluźnienie lub skondensowanie) b) acetylacja, fosforylacja c) deacetylacja |
|
Upakowanie chromatyny w jądrze |
|
1. Dwuniciowa cz. DNA 2. Nić nukleosomowa 3. Solenoid 4. Domeny 5. Grona I i II-rzędu 6. Postac prążkó w ramionach chrom. metaf. 7. Chromatydy 8. Chromosom |
|
Każdy chromosom zawiera wyspecjalizowane regiony - wymień je. |
|
miejsce inicjacji replikacji, centromer, kinetochor, telomer |
|
Nukleotyd to... |
|
pentoza + zasada azotowaa + r. kwasu fosforanowego (1 - 3) |
|
Nukleozyd to... |
|
pentoza + zasada azotowa |
|
Jakimi dwoma szlakami syntezuje się nukleotydy? |
|
1. de novo z prostych związków wyjściowych 2. rezerwowo - powtórne wykorzystanie zasad purynowych z hydrolizy kw. nukleinowych |
|
Różnica pomiędzy rybozą i deoksyrybozą |
|
Przy węglu 2' grupa -OH zastąpiona -H |
|
W jaki sposób łączą się nukleotydy? |
|
3 atom węgla pentozy z grupą -OH połącozny jest z r. kw. fosforowego położoną przy piątym atomie węgla pentozy |
|
Jakie końce ma łańcuch nukleotydowy? |
|
3' (wolna r. fosforanowa) i 5' (wolna grupa hydroksylowa pentozy) |
|
Zasady azotowe: a) Co to jest? b) Jakie są rodzaje z opisem? c) Wymienić przykłady puryn i pirymidyn. |
|
a) Związki aromatyczne o budowie cykliczne z atomem azotu b) pirymiyny (1 pierścień) i puryny (2 pierścienie - pirymidynowy i imidazolowy) c) pirymidyny: T, C || puryny: A, G |
|
Grupa fosforanowa: a) Ile reszt może być przyłączonych? b) do którego węgla pentozy są przyłaćzone? c) Funkcja |
|
a) do 3 b) 5' c) łączenie nukleotydów za pomocą wiązań fosfodiestrowych 3'->5' |
|
Wiązanie fosfodiestrowe powstaje na drodze ... z udziałem ... Kierunek tej reakcji to ..., czyli kolejny nukleotyd przyłącza się do wolnej grupy ... w pozycji ... |
|
syntezy DNA, polimerazy DNA, 5'->3', -OH, 3' |
|
Reakcja syntezy DNA jest termodynamicznie ..., ponieważ reszty fosforanowe beta i gamma zostają uwolnione w postaci ... w wyniku ... |
|
korzystna, pirofosforanu, hydrolizy |
|
RNA - różnice z DNA |
|
1. Uracyl zamiast tyminy (pirymidyna) 2. ryboza zamiast deoksyrybozy 3. Wiązania fosfodiestrowe tworzy polimeraza RNA |
|
Co zapewnia stabilność podwójnej helisy DNA? |
|
1. Wiązania wodorowe (2 A-T, 3 G-C) 2. Interakcje pi-pi (hydrofobowe oddziaływania między sąsiadujacymi zasadami) |
|
Formy DNA: a) Wymień lewoskrętne b) Wymień prawoskrętne c) Ile pz na jeden obrót B-DNA? d) Najniższy stan energetyczny ma... |
|
a) A, B, C b) Z c) 10,4 d) B-DNA |
|
Ujemnie superhelikalny DNA ma skręt ... |
|
skręt prawostronny zgodny z ruchem wskazówek zegara |
|
Dodatnio superhelikalny DNA ma skręt ... |
|
skręt lewostronny |
|
Rozluźniony DNA ma/nie ma skrętów. |
|
brak skrętów |
|
DNA wszystkich organizmów pozostaje w stanie ..., czyli w stanie ... skręconej helisy DNA |
|
nieznacznie rozwiniętym, ujemnie |
|
Odwrotna gyraza to... |
|
enzym umożliwiajacy zmianę skrętu helisy DNA na dodatni |
|
Topoziomeraza: a) Co to jest? b) Rodzaje? c) Działanie |
|
a) enzym zmieniający superskręt superhelisy DNA w wyniku zmiany poziomu energii zakumulowanej w napięciach torsyjnych b)I i II c) Przyłącza się do nici DNA tuż przed widełkami i działa jako połączenie obrotowe ( tylko krótki fr. nici poddany jest obróceniu) |
|
Topoizomeraza I: a) działanie b) nakład ATP |
|
a) przecina pojedynczą nić DNA powosujac relaksację napięcia tosryjnego wskutek usunięcia superskrętu b) nie wymaga |
|
Topoizomeraza II: a) działanie b) nakład ATP |
|
a) przecina obie nici DNA powodując wzrost |
|
Zmiana liczby superskrętów - wzór |
|
= zamiana liczby skrętów + zmiana liczby zwojów |
|
Liczba skrętów mówi... |
|
ile razy kolista DNA została skręcona wokół własnej osi |
|
Liczba zwojów mówi... |
|
ile razy oś podwójnej helisy owija się wokół siebie |
|
Im wyższa liczba skrętów tym ... stabilność w wysokich temp. oraz ... na rozdzielanie oraz utrusniony dostęp do ... |
|
wyższa, odporność, matrycy DNA |
|
Wraz ze wzrostem liczby skrętów ... długość i ... średnica |
|
rośnie, maleje |
|
Napięcie torsyjne jest ... |
|
spowodowane wzrostem skrętu DNA |
|
liczba skrętów i liczba zwojów są ... Wzrost liczby zwojów jest ... |
|
odwrotnie proporcjonalne, korzystniejszy energetycznie |
|
Udział % RNA w komórce |
|
4% RNA kodujące, 96% RNA funkcjonalne |
|
mRNA: a) miejsce syntezy b) funkcjaL |
|
a) nukleoplazma b) przenoszenie informacji genetycznej z j.k. do cytoplazmy |
|
Splicing - co to? |
|
Wycinanie intronów z pre-mRNA |
|
Co występuje na końcu 5' i 3' w mRNA Procaryota? |
|
5' - czapeczka, 3' - ogon poli(A) |
|
Czapeczka - funkcja: |
|
1.ochrona mRNA (ogranicza działanie 5'-egzonukleaz) 2. bierze udział w translacji mRNA na etapie inicjacji oraz eksport mRNA i snRNA z jądra |
|
Ogon poli(A) - funkcja: |
|
ochrona mRNA (ogranicza działanie 3'-endonukleaz) |
|
rRNA: a) miejsce syntezy b) funkcja c) inne |
|
a) jąderko b) buduje rybosomy c) zawiera zmodyfikowane zasady azotowe (pseudourydyna) |
|
tRNA: a) miejsce syntezy b) funkcja: c) budowa: d) zawiera |
|
a) nukleoplazma b) rozpoznawanie kodu genetycznego i transport aminokwasów do rybosomu podczas procesu translacji c) rugorzęfowa d) antykodon |
|
Co to jest antykodon? |
|
Komplementarny do kodonu mRNA, pośredniczy w odczytywaniu kodu genetycznego miedzy DNA a mRNA |
|
aminoacylo-tRNA to... |
|
kompleks tRNA i aminokwasu |
|
snRNA a) inna nazwa b) bogate w... c)miejsce syntezy: d) role i funkcje: |
|
a) małe jądrowe RNA b) urydynę c) nukleoplazma d) 1. regulacja ekspresji genów (udział w splicingu), 2. RNA regulatorowe i strukturalne w chromatynie |
|
snoRNA: a) inna nazwa b) lokalizacja c) rola: |
|
a) małe jąderkowe RNA b) jąderka c) 1. chemiczna modyfikacja RNA (zarządzanie enzymami), 2. część telomerazy, 3. udział w imprintingu genów (różny stopień metylacji genów) |
|
Mechanizm działania snoRNA |
|
hybrydyzacja snoRNA do komplementarnych rejonów rRNA podlegajacych modyfikacji |
|
miRNA: a) inna nazwa b) rola i funkcja |
|
a) mikro RNA b) 1. udział w ekspresji genów (gł. w rozwoju embrionalnym), 2. wyciszanie ekspresji (tłumienie translacji=interferancji RNA) |
|
W jaki sposób dochodzi do zatrzymania translacji przez miRNA? |
|
wiązanie mRNA poprzez niedoskonałe parowanie zasad |
|
siRNA a) inna nazwa b) funkcja: |
|
a) małe interferujące b) interferencja RNA |
|
Mechanizm interferencji RNA przez siRNA |
|
siRNA ma komplementarną sekwencję do fragmentu wyciszanego genu. Po dostaniu się do cytoplazmy zostaje przecięty przez endonukleazę DICER, pojedyncze nici hybrydyzują z odc. odpowiedniego genu na mRNA |
|
pre-RNA -> etapy dojrzewania: |
|
1. Modyfikacja końców (podczas syntezy mRNA: dołączenie czapeczki i ogona poli(A)) 2. Splicing i dojrzewanie mRNA 3. Cięcie enzymatyczne na mniejsze jednostki 4. Modyfikacje chemiczne - przyłaczenie gr. funkcyjnych do rybonukloetydów (tylko dla: rRNA, tRNA, mRNA) |
|
Genom: a) co to jest? b) Ile % to cz. kodująca? c) Ile % ulega transkrypcji? |
|
a) całe DNA komórki lub organizmu (geny i odc. międzygenowe) b) 1-3% c) 30% |
|
Genom: a) co to jest? b) Ile % to cz. kodująca? c) Ile % ulega transkrypcji? d) Ile % to sekwencje powtarzające lub unikatowe? |
|
a) całe DNA komórki lub organizmu (geny i odc. międzygenowe) b) 1-3% c) 30% d) 70% |
|
Sekwencje unikatowe to.. |
|
pojedyncza kopia |
|
Sekwencje powtórzone i rozproszone: a) wymień je b) SINE i LINE - ile pz? |
|
a) transpozony i retrotranspozony b) SINE (100-500), LINE (kilka i więcej kb zasad) |
|
Transpozony to... |
|
sekwencje DNA ulegające bezpośredniej transpozycji fr. DNA w obrębie jednej komórki (z pominięciem RNA). Na obu końcach mają powtórzone fragmenty o tej samej lub oodwróconej sekwencji, które mogą się samodzielnie przemieszczać w obrębie genomu gospdarza ( |
|
Transpozaza to... |
|
enzym, który rozpoznaje krótkie sekwencje na bokach transpozonu, określające jego granice i informujące, że odcinek między nimi należy wyciąć |
|
Retrotranspozony to... |
|
fr. DNA, które mogą się przemieszczać w genomie wielu komórek. Odbywa się na drodze DNA-RNA-DNA. Zawierają pełną inf. gen. kodującą enzymy niezbędne do retrotranspozycji. |
|
Sekwencje pwotórzone tandemowe: a) wymien (występowanie) b) jako marker moleklarny wykorzystuje się... c) ulegają transkrypcji d) nie ulegają transkrypcji |
|
a) satelitarne (centromer), minisatelitarne (telomery/końce chromosomu), mikrosatelitrne (-) b) mikrosatelitarne c) rRNA, 5S RNA, tRNA d) DNA satelitarny |
|
Helikaza DNA-B - funkcja |
|
hydrolizuje w. wodorowe pomiędzy zasadami azotowymi |
|
Białko SSB a) inna nazwa b) rola c) forma występowania d) Czy przyłącza się do podwójnej nici DNA? |
|
a) białko stabilizujące jednoniciową strukturę (za helikazą) b) utrzymuje dwie nici DNA w stanie rozplecionym poprzez połączenie się do jednej nici, zapobiegając wytworzniu drugorzęowej struktury c) tetramer d) nigdy |
|
DNA gyraza-teloizomeraza: a) rola b) działąnie |
|
a) przyłacza się przed widełkami replikacyjnymi i katalizuje konwersję dodatnio skręconej nici DNA do rozlunionej nici DNA b) I etap: konwersja, wymaga ATP II etap: obrót do postaci lewoskrętnej, nie wymaga ATP |
|
DNAG, prymaza - funkcja: |
|
syntezuje starter RNA na pojedynczej nici DNA w celu zainicjowania replikacji |
|
RNAaza H - funkcja |
|
usuwa startery RNA |
|
ligaza DNA - funkcja |
|
łączy fr. Okazaki w jedną nić, katalizuje syntezę wiązań fosfodiestrowych między sąsiednimi nukleotydami |
|
polimeraza DNA - funkcje: |
|
katalizuje wydłużenie pojedynczej nici DNA przyłączając nukleotydy do końca 3' |
|
Telomeraza - funkcja |
|
katalizuje replikacje DNA na końcach łańcucha, gdzie niemożliwe jest przyłączenie startera RNA i przeprowadzenie syntezy DNA przy udziale polimerazy DNA |
|
Etapy izolacji DNA: |
|
1. Liza komórek 2. Denaturacja i hydroliza białek 3. Usunięcie białek 4. Zagęszczenie DNA |
|
Sposób odbiałaczania prepratu |
|
fenol+chloroform lub wysalanie białek z lizatów |
|
Sole chaotropowe - funkcje: |
|
przecinanie w. wodorowych, ułatwiają lizę komórek, inaktywują nukleazy |
|
Sole chaotropowe - przykład |
|
tiocyjanian guanidyny |
|
Sole krzemionkowe - funkcje |
|
DNA przechodząc przez złoże osiada na nim |